יום כיפור אסור באכילה ושתיה ומכיון שצחצוח שינים כרוך בהכנסת מים לתוך פה הדבר מהווה איסור.
גם לצחצח שיניים בלי לבלוע את המים אסור, מכיוון שיש חשש שיבלע את המים.
במברשת יבשה הדעה הרווחת להימנע מכך משום חשש שיוציא דם ויש איסור הוצאת דם בשבת.
(יום כיפור הוא כמו שבת רגילה לעניין הלכות שבת)